Racconta Ovidio nelle Metamorfosi, che il fauno Marsia, oso' sfidare in una contesa musicale Apollo e che, battuto, venne da questi scuoiato. Questo dipinto, da riferire con sicurezza al giovane Guercino, raffigura il dio che si volge contrariato alla proterva provocazione del fauno. Ma il pittore sembra avere spogliato il racconto mitologico di ogni indugio narrativo cosicche' , in virtu' del taglio ravvicinato delle due mezze figure, la composizione assume l'aspetto di un diretto studio dei caratteri.

Questi elementi avvalorarono l'identificazione del dipinto con uno gia' posseduto dal cardinale Alessandro d'Este. Infatti le parole usate in due antichi inventari per definire il quadro del cardinal Alessandro si attagliano perfettamente alla forte individuazione espressiva di questo dipinto (di ritratto parlava l'inventario del 1624 ) e alla straordinaria disinvoltura della conduzione pittorica, (di abbozzo si parla in un quello del 1672).

L'Apollo e Marsia della Popolare stringe forti legami con le opere eseguite dal Guercino nei due anni che precedono il trasferimento a Roma; ad esempio con Apollo che scortica Marsia del 1618, conservato a Palazzo Pitti a Firenze e, ancora piu', con il Ritorno del figliol prodigo eseguito per il Cardinal Serra a Ferrara nel 1619 ed ora al Kunsthistorisches Museum di Vienna.